La Gerencia Regional Santa Cruz de la Aduana Nacional, operativamente desarrolla sus actividades de control del comercio exterior mediante sus Administraciones dependientes de Aduana Interior Santa Cruz, Aeropuerto Viru Viru, Zona Franca Industrial Winner, Administraciones de Frontera Puerto Suarez, Zona Franca Industrial Puerto Suarez, Puerto Jennefer,San Matías y San Vicente.
Uno de los aspectos de mayor relevancia, es la implementación de las Áreas de Control Integrado con la Aduana de Brasil en virtud del Vigésimo Segundo Protocolo Adicional del ACE 36 Bolivia – Mercosur y los compromisos asumidos entre la Receita Federal de Brasil y la Aduana Nacional de Bolivia, en este sentido, a partir del 01/03/2012 se logra implementar el control al 100% de los tránsitos de exportaciones brasileras con destino a Bolivia en el Área de Control Integrado Corumba-Puerto Suárez ubicado en Puerto Seco AGESA – Corumba y a partir del 04/03/2013, en el Área de Control Integrado Cáceres/Corixa -San Matías.
Es importante destacar que la Gerencia Regional Santa Cruz se constituye en el pilar principal de la recaudación aduanera del país concentrando el 45.5% del total nacional.