Mediante Resolución de Directorio Nº RD 02-011-05 de 01/08/2005, el Directorio de la Aduana Nacional de Bolivia dispuso la creación de la Gerencia Regional de Aduana Potosí con las siguientes Administraciones de Aduana: Interior Potosí, Apacheta-Hito Cajones, Avaroa, Villazón y Zona Franca Comercial Villazón. En la actualidad la Zona Franca Comercial Villazón cerró actividades.

En fecha 12/05/2009 la Gerencia General de la Aduana Nacional hizo conocer sobre el traspaso de Activos, Recursos Humanos y Documentación, disponiendo el inicio de operaciones de las Administraciones de Aduana bajo dependencia de la Gerencia Regional de Aduana Potosí a partir del 1ro de junio de 2009. A partir de esa fecha, se efectuaron las acciones administrativas necesarias para dar continuidad al normal procesamiento de trámites y de la documentación concerniente a las operaciones de comercio exterior que en ese momento se procesaban bajo la jurisdicción de las Gerencias Regionales de Oruro y Tarija.

Asimismo, la Gerencia General instruyó a la Gerencia Nacional de Administración y Finanzas se efectúe coordinación con las Gerencias Regionales de Oruro y Tarija para el  traspaso de los ítems correspondientes y el traspaso de los activos fijos bajo responsabilidad de la Gerencia Regional Potosí.

En fecha 20/01/2009 se suscribió el Contrato de Comodato entre la entonces Prefectura del Departamento de Potosí y la Aduana Nacional para la entrega en calidad de Comodato el inmueble ubicado en el ex Aeropuerto Capitán Rojas zona Karachipampa del Departamento de Potosí para el inicio de las actividades de la Gerencia Regional Potosí y de la Administración de Aduana Interior Potosí, mismo que mereció una adenda suscrita en fecha 12/09/2009.

En ese sentido la Gerencia Regional de Aduana Potosí inició sus operaciones a partir del 1ero. de junio de 2009 instalándose en el ex Aeropuerto Capitán Rojas zona Karachipampa compartiendo la infraestructura con la Administración de Aduana Interior Potosí.

En la actualidad, debido al crecimiento de las operaciones y a la necesidad de servicio la Gerencia Regional de Aduana Potosí presta servicios a todos los Operadores de Comercio Exterior en el centro de la ciudad de Potosí, Calle 1° de Abril Nº 605 entre Chayanta y Bustillos.